肠道病毒属于小核糖核酸病毒科、肠病毒属，病毒体积小，呈球形，病毒衣壳为对称的二十面体，病毒基因组为单股正链RNA，基因组长约7. 4kb。基因组仅含1个开放读码框（open reading frame，ORF），两端为保守的非编码区（untranslated region，UTR），5′端UTR共价结合1个小分子蛋白，与病毒RNA合成和基因组装配有关；3′端有poly（A）尾，加强了病毒的感染性。基因组的5′末端至3′末端依次排列着5′UTR，编码区P1、P2、P3，3′UTR及多聚腺苷酸尾。P1编码主要的结构蛋白，终产物为VP1～VP4。病毒颗粒裸露无包膜和突起，主要包括4个病毒外壳蛋白（VP1、VP2、VP3和VP4）和7个非结构蛋白（2A、2B、2C、3A、3B、3C和3D），4种结构蛋白中，VP4包埋在病毒粒子外壳的内侧与病毒核心紧密连接，VP1～VP3暴露在病毒颗粒表面，因而抗原决定簇基本上位于VP1～VP3上。VP1是主要分布于病毒颗粒表面的衣壳蛋白，是中和抗原位点的主要组成部分，该区段的核苷酸序列与肠道病毒血清型相关。

EV71的病毒颗粒为二十面立体对称的球形结构，无包膜和突起，直径24～30nm，采用磷钨酸盐染色在电镜下观察到的EV71原型株BrCr病毒直径为27nm。病毒核酸为单股正链RNA，是由约7408个核苷酸组成，病毒的单链RNA具有侵染性。病毒基因两端为保守的非编码区，在肠道病毒中同源性非常高，中间为基因组中仅有的1个开放阅读框（ORF），编码含2193个氨基酸的多聚蛋白（polyprotein），在其两侧分别为746个核苷酸的5′-非编码区（UTRs）和83个核苷酸的3′-非编码区。病毒基因组在3′-非编码区的末端含有一个长度可变的多聚腺苷酸尾巴（poly-A），其长度与其他小RNA病毒有所差异，如果去除3′-末端的poly-A尾，病毒基因组将出现断裂，感染性就会消失；病毒5′-末端共价结合1个小分子量的蛋白（VPg），VPg蛋白通过其酪氨酸残基的羟基基团与RNA5′-末端的pUpU形成磷酸二酯键与基因组RNA结合，相对3′-末端的poly-A尾而言，VPg蛋白的缺失对病毒的感染活性没有明显影响。病毒粒子的衣壳由60个亚单位构成，后者又是由4种衣壳蛋白（VP1～VP4）拼装成的五聚体样结构。4种结构蛋白中，除VP4包埋在病毒粒子外壳的内侧与病毒核心紧密连接以外，其他3种结构蛋白均暴露在病毒颗粒的表面。因而抗原决定簇基本上位于VP1～VP3上。

CA16为20面立体对称球形颗粒，直径为23～30nm，无包膜和突起，由核酸和蛋白质组成。其核酸是单股正链RNA，全长约为7410个核苷酸，基因组含1个开放读码框架（ORF），编码1个多聚前体蛋白，经蛋白酶切水解为P1、P2和P3 3个前体蛋白，P1编码病毒的结构蛋白VP1、VP2、VP3和VP4，组成病毒衣壳，VP1区长891bp，编码297个氨基酸残基，是病毒主要的中和抗原决定簇所在的部位；P2、P3区编码非结构蛋白。RNA两侧为5′-和3′-非编码区（UTRs），分别含有多肽翻译和RNA合成的起始信号，在3′-非编码区的末端带有一个长度可变的多聚腺苷酸尾巴（poly-A）。

肠道病毒适合在湿热的环境下生存与传播，该病毒耐酸、不耐热，对乙醚、去氯胆酸盐等不敏感，75%酒精和5%来苏亦不能将其灭活，但对紫外线及干燥敏感，因此应经常暴晒衣被。各种氧化剂（高锰酸钾、漂白粉等）、甲醛、碘酒都能灭活病毒。病毒在50℃可被迅速灭活，但1mol浓度二价阳离子环境可提高病毒对热灭活的抵抗力，肠道病毒适合在湿、热的环境下生存与传播，病毒在4℃可存活1年，在-20℃可长期保存，环境生存能力与环境有关，有机物可保护病毒，可在粪便和污水中长期存活。